背景资料
某公司承包某城市主干路工程，道路总长5130km，道路穿越现况取土坑，设计为级配砂石高填方，路基长度600m，最大高度6m。
项目执行《建设工程工程量清单计价规范》GB50500—2008，工期15个月。承包合同规定：
（1）本工程采用总价合同形式，合同总价为9800万元，发包人在开工前7天向承包人支付合同价20％的工程预付款，其中主要材料费用占70%。
（2）工程质保期按设计年限执行，工程质量保证金为承包合同价的5%，发包人从承包人每月的工程款中按比例扣留。
（3）规费费率2.8％，以分部分项工程合价为基数计算；税金率3.41％。
（4）在施工过程中，发生以下事件：
①工程开工后，发现基底局部为鱼塘、垃圾坑，地下情况与原始资料不符，进行了设计变更，采用强夯、抛石挤淤等方法进行基础处理。该项工程工程量抛石共计1200m3；完成该项工程耗用的资源为：人工280个工日，工资单价150元/工日；抛石单价180元/m3；机械130个台班，机械每台班单价为1500元。按照合同约定，变更项目综合单价中的管理费以直接费为计算基础，管理费率为10％；利润率为10％。
②工程进行的前3个月按计划共计完成了1000.50万元工作量。在工程进度至第4个月时，施工单位按计划进度完成了600万元工作量，同时还完成了变更内容的增加的30%。

请分析本工程存在的问题？