案情：A市运输公司，委托华信会计师事务所代为办理纳税事宜。为提高运输效率，缓解运输压力，投资1，500，000元，开发出一套计算机管理运量和线路的软件系统，从2002年3月起每月从公司客户收取调度费100，000元，截至2002年6月10日共收取调度费400，000元。公司会计在记账时，将这项收入记入营业收入，会计师事务所在为公司办理纳税申报时，将这项收入从应税收入中调出后记入企业管理费。
2002年4月为客户运输散装水泥，将散装水泥改为袋装水泥，在运输费之外以每条20元的价格向客户售出水泥袋40，000条，收取水泥袋款800，000元，记入与水泥袋厂的往来帐户中。
2002年6月15日，A市地税局稽查局接到举报，在对运输公司的税务检查中发现，这两项收入都没有申报纳税，履行了告知程序之后，于2002年6月20日作出税务处理决定书，责令运输公司于2002年6月30日前，补缴营业税36，000元及滞纳金，同时处以5倍罚款180，000元。
运输公司对税务机关的处罚不服，7月1日向人民法院提起税务行政诉讼，人民法院依法受理此案，7月10日，税务机关采取税收强制执行措施，从运输公司的银行帐户中，扣缴了税款、滞纳金和罚款。
以上是税务机关对整个案件的处理。

税务机关的行政行为是否有不当之处？